Pirmo reizi aiki tika minēts 712.g. Japāņu kultūras vecākajā mantojumā „Pieraksti par senatnes lietām”. Viena no leģendām stāsta par valdnieka Takemi Nakata cīņu ar divcīņu mākslas dieviem Kasima un Katori. Nakatas dēls izsauca dievus uz tuvcīņu (tegoi) un zaudēja. Tiklīdz viņš aizsniedza Kasimas roku, viņa rokas un ierocis pārvērtas par ledus gabaliem, pēc tam neredzamas spēks meta viņu augšā un viņš nokrita jau miris. Paņēmiens, ko izmantoja divcīņu dievs, pamatojās uz pozitīvās un negatīvās enerģijas, elpošanas spēka aiki un aiki-in-jo apvienošanas. Uz šī principa pamata radās populāra cīņu mākslas skola daito rju aiki dzjudzjucu. Aikido turpina šo principu attīstību.

Pirmais cilvēks, kas pētīja un izmantoja cīņu mākslas Daito-rjū aiki-dzjūdzjucu paņēmienus, bija Minamoto Josimicu. Viņa vārds ir cieši saistīts ar aikido attīstību. Talantīgs pulkvedis un karavadonis, viņš aptvēra cīņu mākslas metodes uz cilvēkiem, kas mira kaujās. Tā pirmo reizi bija atstrādāta tehnika kansecu (slēdžu tehnika), kā arī dažādi metieni, sitieni un citi paņēmieni.

Par saviem panākumiem Josimicu saņēma kņaza titulu un muižu. Cīņas mākslu, ko izveidoja Josimicu, turpināja viņa ģimenes locekļi, bērni un mazbērni. Viņš bija pirmais slavenā Takedas klana pārstāvis. Cīņu mākslas paņēmieni un tehnikas tika turētas stingrā noslēpumā un bija ģimenes īpašums. Tās attīstīja pēcnācēji līdz pat 20.gs sākumam, līdz pēdējam ģimenes pārstāvim Takeda Sokaku.

Par vienu no pazīstamākajiem Takedas Sokaku skolniekiem kļuva Morihejs Uesiba (1883 – 1969), senlaiku samuraju ģints pēcnācējs no Vakajamas prefektūras. Sākot no 1915.gada viņš bija meistara skolnieks, bet pēc 7 gadiem kļuva par palīgu un asistentu. 1931. gadā skolotājs nodeva savam skolniekam manuskriptu, kurā bija atspoguļota pilna Takedas ģimenes vēsture un cīņu mākslas daito rju aiki dzjudzjucu tehnikas apraksts.

Morihejam Uesiba pieder jauna cīņu mākslas veida Aikido radīšanas ideja, kas pamatojas uz Takedas Sokaku mācību par “Daito-rju Aiki-dzjūdzjucu”. Viņš izstrādāja aikido mākslas filozofisko pamatojumu dodot tai “Apslēptās zināšanas” formu. Jaunās mācības tehnikas stipri atšķīrās no Takedas skolas. 1932. gadā Uesiba atver savu skolu un pilnībā nododas aikidzjucu bāzes paplašināšanai. Viņš cenšas ar nodarbību palīdzību nodibināt tiešo saikni ar dabu, pilnveidot sevi un līdz ar to uzlabot sabiedrību. Viņa ietekme uz skolniekiem izrādījās pietiekami spēcīga un Uesibas idejas kļuva populāras un tuvas lielai japāņu sabiedrības daļai. Drīzumā Sokaku līnija, tradicionālā vai konservatīvā tās daļa, sāka piekāpties popularitātē jaunam progresīvam virzienam. Uesibas aikido stipri atšķīrās no aikidzjudzjucu tradicionāla virziena gan uzdevumos, gan tehnikās, gan nodarbību metodēs, tāpēc Uesiba ir uzskatāms par īsto aikido radītāju.

Par Moriheja Uesibas darba turpinātāju kļuva viņa dēls Kissjomaru. Visu savu dzīvi viņš veltīja aikido pētīšanai un attīstībai, tā izplatīšanai un popularizēšanai pasaulē. 

Pašlaik aikido cīņu mākslas štābs Aikido Hombu Dodzjo, atrodas Tokijā un tās vadītājs ir skolas dibinātāja mazdēls, Moriteru Uesiba.